
Antico centro umbro come è attestato dai vari reperti bronzei trovati nel territorio (Monte Giove, Le Capanne, Panicale) fu densamente popolato anche in età romana.
Il nome del Comune deriva da quello di un soldato romano martirizzato
nel 303 nei pressi di Città di Castello, perché scoperto a diffondervi
il Cristianesimo.
La più antica ripartizione territoriale del Comune di San Giustino
risale al IV sec. dell'era volgare, ripartizione di carattere
ecclesiastico, ma a quei tempi con valore anche amministrativo, e che
divideva il territorio comunale in parrocchie, corrispondenti poi alle
frazioni.
Fu anticamente feudo della Famiglia Dotti, in seguito dei Bufalini.
La storia del Paese è legata a questa potente e nobile famiglia del '500
e a quella di Città di Castello.
È proprio al centro che si trova il Castello Bufalini, una delle più
belle testimonianze di ricca dimora patrizia stupendamente conservata
fino ai nostri giorni.
Nel 1814, cessato il dominio francese, il comune di San Giustino tornò
allo Stato della Chiesa, che nel 1817 gli concesse l'autonomia, ma
appodiata a Città di Castello. Il 21 settembre 1828 il Papa Leone XII lo
dichiarò, "in perpetuo, comune indipendente e autonomo".
L'11 settembre
del 1860 entrò a far parte del Regno d'Italia, liberato dalle truppe del
generale romagnolo Manfredo Fanti.
Nel suo territorio si trova Cospaia (singolare repubblica dal 1440 al 1826),
dove nella seconda metà del secolo XVI (1575) fu coltivato il primo
tabacco d'Italia, chiamato allora "erba tornabuona" dal nome dell'abate
Nicolò Tornabuoni della vicina San Sepolcro, che ne riportò il seme,
tornato da una missione in Spagna.